L'administration fiscale dispose de plusieurs moyens pour contrôler la sincérité des déclarations effectuées par les entreprises au titre des impôts directs (IS) et des contributions indirectes (par exemple : TVA).

Lorsqu'elle constate l'existence d'une incohérence ou d'une anomalie (incohérence entre le montant de la TVA versée au Trésor et le chiffre d'affaires, entre le montant des frais généraux et le chiffre d'affaires), l'administration fiscale adresse à l'entreprise contribuable une demande d'éclaircissements et de justifications, qui constitue un simple contrôle sur pièces permettant, dans un certain nombre de cas, de rétablir la situation sans déclencher un véritable contrôle fiscal au siège de l'entreprise.

Si l'administration fiscale ne s'estime pas suffisamment éclairée par les informations et documents communiqués par l'entreprise, elle envisage alors un contrôle sur place, à savoir, le plus souvent, une " vérification de comptabilité ".

Il faut savoir, à ce stade, que le contrôle sur pièces, avec demande d'éclaircissements et justifications, peut donner lieu à une notification de redressement fiscal, sans qu'il y ait de procédure de vérification de comptabilité au siège de l'entreprise. Il s'agit, en général, de redressements d'assez faible importance, avec des pénalités assez faibles.

L'administration fiscale ne déclenche pas, en principe, de procédure de vérification de comptabilité lorsqu'elle constate que les anomalies résultent d'erreurs matérielles et que la bonne foi du contribuable peut être présumée.

La procédure de vérification de comptabilité consiste "en l'examen sur place de la comptabilité ou des documents en tenant lieu d'une entreprise (individuelle ou constituée sous forme de société) en la confrontant à certaines données matérielles ou de fait, afin de s'assurer de l'exactitude des déclarations souscrites " (charte du contribuable, Edition Mars 1997).

Elle se distingue de l'examen contradictoire de la situation fiscale et personnelle, contrôle beaucoup plus approfondi sur l'ensemble des revenus et de la situation patrimoniale des contribuables.

La procédure commence par la réception d'un " avis de vérification de comptabilité " (formulaire n° 3927) qui précise :

- les impôts vérifiés,
- la période de contrôle,
- la date de la première intervention du vérificateur.

A ce stade, l'entreprise peut déjà se faire assister d'un conseil, avocat ou expert comptable, qui l'assistera dans ses relations avec le vérificateur ou, le cas échéant, représentera l'entreprise auprès de ce dernier.

A l'occasion de ce contrôle, l'administration fiscale peut demander la présentation des documents comptables et de toute pièce de nature à justifier les résultats déclarés.

Il convient d'indiquer que l'opposition systématique au contrôle (notamment en refusant la présence du vérificateur dans l'entreprise et en refusant de lui communiquer tout document) peut conduire à l'évaluation d'office des bases d'imposition et expose l'entreprise vérifiée à des sanctions pénales.

La durée du contrôle ne peut, en principe, excéder une année à compter de la date de réception de l'avis de vérification (ou 3 mois pour les petites entreprises). Cependant, le contrôle peut durer deux ans en cas de découverte d'une " activité occulte " ou de révélation de certains délits.

Ce délai peut être prolongé notamment pour permettre à l'administration fiscale d'obtenir des relevés de comptes bancaires et des renseignements demandés aux autorités étrangères au sujet de revenus dont les contribuables auraient pu disposer à l'étranger.

La durée du contrôle peut être prolongée, également, lorsque l'entreprise demande un délai supérieur pour répondre aux demandes d'éclaircissements et de justifications.

La procédure de contrôle s'achève rarement, en pratique, par un avis d'absence de redressement.

La fin du contrôle est matérialisée, le plus souvent, par l'envoi d'une " notification de redressement " qui est l'acte par lequel le vérificateur fait connaître les redressements qu'il envisage à l'issue du contrôle.

La notification indique :

- la nature et l'objet du contrôle,
- le délai de réponse (30 jours) et les pénalités qui peuvent être réclamées,
- la nature, le motif et le montant de chacun des redressements envisagés (par catégorie d'impôts).

(à suivre : que faire, en pratique, dans le cadre de la procédure de vérification de comptabilité).